La Academia de Guerra Aérea, se inició en el año de 1961, con la denominación de Academia Aérea; funcionando así hasta el 18 de octubre e 1971, año en el cual, mediante Decreto Ejecutivo No. 1544 se cambia esta denominación por la de "Academia de Guerra Aérea", implementándose los cursos para Oficiales de Estado Mayor.

En consecuencia, la vida de la Academia de Guerra Aérea se enmarca en dos fases que van desde los años 1961 a 1971 y desde 1971 hasta la presente fecha.

Hasta el año 1961 la Fuerza Aérea no contaba con un instituto de enseñanza superior y de comando para sus oficiales. En el mes de junio de 1961, el señor Comandante General Víctor H. Suárez Haz designo al señor Mayor Luis Ortega Jaramillo para que organizara un instituto que permita cumplir con estas aspiraciones. Es así como en octubre de ese año con ocasión de celebrarse el XLI aniversario de la FAE, se firmó el decreto correspondiente de la creación de la Academia de la Fuerza Aérea.

Es importante mencionar la valiosa ayuda que prestó la Misión Aérea de los Estados Unidos y la Universidad del Aire de la Fuerza Aérea Americana, que con la participación de varios representantes y en conjunto con la Dirección de la Academia ayudaron y asesoraron en la elaboración de los programas de instrucción de los nuevos cursos.

El primero de éstos, fue el de Comando de Escuadrones, y luego los cursos de promoción que se iniciaron a partir del año 1963. Desde entonces hasta 1968, la Academia Aérea creció considerablemente atendiendo todos los requerimientos de capacitación de los miembros de la Institución; se había convertido pues en un Instituto de formación y adiestramiento muy diverso, pues entre otros se dictaban los siguientes cursos, bajo la responsabilidad de su Director:

* Comando de Escuadrones por correspondencia para capitanes.
* Promoción de Tenientes a Capitanes.
* Promoción de Subtenientes a Tenientes.
* Capitanes de Nave de aviones DC-6B.
* Capitanes de Nave de aviones C-47.
* Cadetes Navegantes bombarderos.
* Cabineras
* Policías Aéreos.
* Radio operadores de abordo.
* Inglés.
* Cursos de especialidades como: 

o Motores jet y convencionales
o Mantenimiento, Instrumentos, Hidráulica
o Electrónica y Electricidad
o Abastecimientos y Ordenes Técnicas
o Meteorología
o Administración y Personal. 

La FAE debido a las necesidades y exigencias de alcanzar de alcanzar de este Instituto, un nivel alto de conocimientos y tecnificación para sus alumnos consideró la necesidad que además de los cursos que se venían dictando, se realice la formación y preparación de oficiales superiores para las funciones de Comando y Estado Mayor de la Fuerza.

En estas circunstancias, siendo Presidente de la República el Dr. José María Velasco Ibarra y Comandante General el Sr. General del Aire Julio I. Espinosa P., mediante Decreto Ejecutivo No. 1544, el 18 de Octubre de 1971 se creó la Academia de Guerra Aérea, con el objeto de preparar y capacitar a los oficiales superiores de la Fuerza , para el desempeño de funciones de Comando y Estado Mayor, y a los oficiales subalternos para ejercer funciones de Comando de Unidades Operativas y Técnicas dentro de las diferentes especialidades de la FAE. El primer Director de este renovado Instituto fue el Sr. TCrn. E.M. Avc. Carlos Banderas Román.

A partir de 1971, la Academia de Guerra Aérea, por el decreto de creación se transformó en Instituto Superior, con la responsabilidad de la formación de oficiales superiores de la Fuerza, para el planeamiento y la conducción de unidades operativas aéreas.

En estos años para cumplir con la responsabilidad de preparar al oficial superior de la Fuerza Aérea, se ha dado importancia a lo que corresponde principalmente al empleo del Poder Aéreo, como medio preponderante en las campañas bélicas y para que con dichos estudios y enseñanzas tenga una plena conciencia de su aplicación y de los factores políticos, económicos y sicosociales, que influyen directamente en el logro de los objetivos nacionales y sobre la estrategia militar.

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